Od doby Whittakera však vedl pokroky v molekulární biologii a genetice k hlubšímu pochopení evolučních vztahů mezi organismy. Výsledkem je, že někteří biologové tvrdí, že systém pěti králů je příliš zjednodušující a neodráží přesně rozmanitost a složitost života na Zemi.
Jednou z hlavních kritik systému pěti králů je to, že je založena především na morfologických a ekologických charakteristikách, spíše než na evolučních vztazích. To může vést k umělým seskupením organismů, které nejsou úzce příbuzné. Například Kingdom Protista je kategorie úlovky, která zahrnuje širokou škálu organismů, které nesdílejí společného předka.
Další kritikou systému pěti králů je to, že je příliš rigidní. Nedovoluje snadné ubytování nových objevů a neodráží dynamickou povahu evolučních vztahů.
Jako alternativu k systému pěti králů navrhují někteří biologové pomocí flexibilnějšího klasifikačního systému založeného na evolučních vztazích. Tento přístup, známý jako fylogenetická systematika, používá molekulární data k konstrukci fylogenetických stromů, které ukazují evoluční vztahy mezi organismy. Fylogenetické stromy mohou být použity k identifikaci monofyletických skupin, což jsou skupiny, které zahrnují společný předchůdce a všechny jeho potomky.
Použití fylogenetické systematiky vedlo k uznání nových skupin organismů a revidovanému pochopení evolučních vztahů mezi živými organismy. Například objev archaea, skupiny jednobuněčných organismů, které jsou odlišné od bakterií i eukaryot, vedl k návrhu klasifikace šestiklíčka.
Stručně řečeno, někteří biologové tvrdí, že koncept pěti království je zastaralý a že pro lepší pochopení rozmanitosti a vývoje života jsou nezbytné složitější klasifikační systémy.