Jejich původ lze vysledovat až do 19. století, kde byly vyvinuty jako pracující psi pro kontrolu populací hlodavců na farmách a ve městech. Byli známí svou agilitou, inteligencí a houževnatostí u loveckých krys.
Jejich předky pravděpodobně zahrnuje různá teriérová plemena, včetně American Pit Bull Terrier, Manchester Terrier a Whippet což má za následek jejich jedinečný vzhled a temperament.
Zatímco krysí teriéra je relativně nedávným plemenem, jeho historie je hluboce propojena s zemědělským a městským rozvojem Ameriky, kde hrála klíčovou roli v kontrole škůdců.