Měkkýši existují po stovky milionů let. Nejdříve známý měkkýši se datují zpět do období Precambrian, asi před 550 miliony let. Tyto rané měkkýši byly malé, červy podobné stvoření, které žily v oceánech. Postupem času se měkkýši vyvinuli v širokou škálu forem, včetně škeble, šneků a chobotnice. Dnes jsou měkkýši jednou z nejúspěšnějších skupin zvířat na Zemi s více než 100 000 známými druhy.