- změna klimatu :Klima během epoch miocénu a pliocénu, když se daří megaladonům, bylo mnohem teplejší než dnes. Když se klima ochladilo během pliocénních a pleistocénových epoch, oceány se zchladly a preferovaná kořist megalodonu, jako jsou velryby a těsnění, se přesunula do teplejších vod. To mohlo způsobit, že megalodon ztratil svůj zdroj potravy a nakonec zanikl.
- Konkurence :Megalodon byl největším žralokem, který kdy žil, ale nebyl to jediný obří žralok v oceánu během epoch Miocénu a pliocénu. Další velcí žraloci, jako je Velký bílý žralok a žralok tygrů, možná soutěžili s Megalodonem o jídlo a zdroje a možná přispěli k jeho vyhynutí.
- Human Lov :Někteří vědci věří, že lidé možná přispěli k vyhynutí megalodonu. Lidé začali během epochy pleistocénu lovit velryby a další velké mořské savce, což by to mohlo snížit zásobování potravinami megalodonu. Navíc lidé možná přímo lovili megaladony na jídlo nebo proto, že byli považováni za hrozbu.
- Kombinace faktorů :Je pravděpodobné, že k vyhynutí megalodonu přispěla kombinace faktorů, jako je změna klimatu, konkurence a lov člověka.
Megaladons vyhynul asi před 2,6 miliony let.