1. Spalování při vysoké teplotě :Tato metoda zahrnuje spalování infikovaných materiálů, včetně mrtvých těl postižených zvířat a jakéhokoli kontaminovaného vybavení, při extrémně vysokých teplotách. Vysoké teplo ničí původce BSE a brání jeho přenosu.
2. Chemická dezinfekce :Některé chemikálie, jako je hydroxid sodný (louh) a peroxid vodíku, jsou účinné při ničení původce BSE. Tyto chemikálie jsou aplikovány na infikované materiály, což způsobuje denaturaci proteinů a inaktivaci infekčních prionů.
3. Parní sterilizace :Pára pod vysokým tlakem a teplotou může také zničit původce BSE. Tato metoda se často používá pro sterilizaci lékařských nástrojů a vybavení a lze ji také použít na materiály kontaminované BSE.