Selektivní šlechtění nezaručuje, že všechny potomky budou kvalitní. Zatímco selektivní šlechtění může zvýšit pravděpodobnost získání potomků s požadovanými rysy, nevylučuje vliv genetické variace a další faktory, které mohou ovlivnit fenotyp jednotlivce. Někteří potomci mohou zdědit méně žádoucí rysy nebo mohou být ovlivněny faktory prostředí, které omezují jejich vyjádření požadovaných charakteristik. Navíc je selektivní šlechtění omezeno genetickou rozmanitostí dostupnou v chované populaci.
