Zatímco hnědé oči jsou nejběžnější barvou očí pro německé ovčáky, mohou také mít:
* Amber Eyes: Teplá, červenohnědá barva.
* modré oči: Méně běžné, ale možné.
* heterochromie: Mít dvě různé barevné oči. To je vzácné, ale může se vyskytnout u německých pastýřů.
Barva očí německého ovčáka je určena množstvím melaninu přítomného v duhově. Čím více melaninu, tím tmavší oči.