Přibližně před 358,9 miliony let. Zde je několik možných vysvětlení jejich vyhynutí:
Změna klimatu: Pozdní devonská období bylo dobou významných změn klimatu. Země zažila řadu ledových věků, což způsobilo kolísání hladin moře a změny v mořském prostředí. Dunklosteus, který byl přizpůsoben teplejším vodám, se možná snažil přežít v měnících se podmínkách.
Konkurence: Pozdní devonské období zaznamenalo diverzifikaci a vzestup dalších skupin predátorů, včetně různých druhů žraloků a kostnatých ryb. Tito konkurenti mohli vyvíjet tlak na zdroje potravy a stanoviště potravy Dunkleosteus.
nadměrné rybolov: Dunklosteus byl nejvyšší predátor, ale možná se také stal obětí nadměrného rybolovu jinými mořskými predátory. Někteří vědci naznačují, že rostoucí rozmanitost a hojnost jiných predátorů by mohla přispět k poklesu Dunklosteus.
Nemoc: Ohniska onemocnění nebo jiné zdravotní výzvy by mohly také ovlivnit přežití populací Dunklosteus. Existují však omezené informace o konkrétních onemocněních nebo patogenech, které mohly hrát roli v jejich vyhynutí.
Kombinace faktorů: Je pravděpodobné, že kombinace výše uvedených faktorů spolu s dalšími neznámými změnami životního prostředí v konečném důsledku vedla k vyhynutí Dunklosteus. Specifická sekvence a relativní příspěvky těchto faktorů jsou stále předmětem výzkumu a debaty mezi paleontology.