Guppies dýchají skrz své žábry, které se nacházejí na obou stranách jejich hlavy. Žábry jsou specializované orgány, které extrahují kyslík z vody. Když guppies dýchají, vezmou vodu ústy a přejdou ji přes žábry. Kyslík ve vodě je absorbován žábry a transportován po celém těle Guppy. Guppy pak vyloučí vodu skrz štěrbiny. Guppies mají také labyrintový orgán, což je specializovaný orgán, který jim umožňuje dýchat vzduch. Labyrintský orgán je umístěn nad žábry a skládá se z řady komor lemovaných tenkou, plynoměnicovou tkáň. Když guppies přijdou na povrch vody, vezmou vzduch skrz jejich ústa a ukládají ho do labyrintového orgánu. Kyslík ve vzduchu je absorbován labyrintovým orgánem a transportován po celém těle Guppy. Guppies používají svůj labyrintský orgán k dýchání vzduchu, když je voda, ve které jsou, nízký obsah kyslíku, například v stojatých rybnících nebo kalužích.
