Guppy dýchá specializovanými dýchacími orgány zvanými Gills. Jejich žábry jsou umístěny po stranách jejich hlavy, za očima. Žábry se skládají z tenkých, jemných vláken, která jsou pokryta malými krevními cévami. Když guppy vezme vodu do úst, prochází přes žábry, kde se kyslík z vody absorbuje do krevních cév. Současně se oxid uhličitý, odpadní produkt dýchání uvolňuje z krve a do vody skrz žábry. Pohyb vody přes žábry je usnadněn Guppy's Operculum, což je kostnatá chlopně, která se otevírá a zavírá přes žábry, a vytváří čerpací akci, která přitahuje vodu dovnitř a ven z úst a přes žábry.
