Primární hrozbou pro lišky fenekové je ztráta jejich přirozeného prostředí. Fennec lišky žijí v severní Africe a na Středním východě, kde je jejich stanoviště rychle ničeno lidskou činností, jako je zemědělství, urbanizace a těžba. Jak je jejich stanoviště ničeno, lišky fenekové jsou nuceny se stěhovat do stále menších oblastí, což je činí zranitelnějšími vůči predátorům a nemocem.
Lov a odchyt
Fennec lišky jsou také loveny a chyceny pro jejich kožešinu. Jejich kožešina se používá k výrobě oděvů a dalších výrobků. V některých oblastech jsou lišky fenekové také loveny pro sport.
Změna klimatu
Změna klimatu je také velkou hrozbou pro lišky fenekové. Změna klimatu způsobuje rozšiřování saharské pouště, což zmenšuje množství přirozeného prostředí dostupného pro lišky fenekové. Klimatické změny také způsobují častější a silnější sucha, což může liškám fenečkovým ztížit hledání potravy a vody.