Netopýr žije na mnoha různých typech míst po celém světě, včetně jeskyní, dutých stromů, rockových štěrbin, starých dolů, tunelů, mostů a někdy i budov. Některé druhy netopýrů dávají přednost teplým místům pro hnízdění, jako jsou jeskyně nebo horké podkroví, jiné si mohou vybrat chladnější úkryty na vrcholu dutých mrtvých stromů. Typ stanoviště Roost a jeho umístění se také mění u některých netopýrů v různých bodech jejich ročního cyklu kvůli faktorům, jako jsou strategie páření, povětrnostní podmínky nebo dostupnost zdrojů potravin.