* sladká voda: Jezera, potoky, rybníky a dokonce i kaluže jsou běžnými domy pro Zoflageláty.
* slaná voda: Obývají také mořské prostředí, jako jsou oceány a moře.
* půda: Zooflageláty lze nalézt také ve vlhké půdě.
* jiné organismy: Některé zoflageláty žijí jako paraziti uvnitř těl jiných organismů, jako jsou zvířata a rostliny.
Je tedy velmi pravděpodobné, že najdete Zooflagellates žijící v jezerech a potokech!