Konflikt noci Johna je soustředěn kolem utlačovací sociální a rasové dynamiky v éře Jim Crow na jihu, kde afričtí Američané čelili závažné diskriminaci, segregaci a omezenému přístupu ke vzdělání a příležitostem. Román zdůrazňuje boje zotročených lidí a délky, které šli získat znalosti a gramotnost ve světě, který se snažil udržet je nevědomými.
Primární konflikt se točí kolem hlavní postavy, Johna, který tajně učí jiné zotročené lidi číst a psát v noci a vzdorovat zákonům, které zakázaly vzdělání pro africké Američany. Tento akt odporu proti represivnímu systému vystavuje Johnovi a jeho studentům v nebezpečí, protože jakýkoli objev by mohl vést k závažnému trestu, včetně bití nebo dokonce smrti.
Román také zkoumá vnitřní konflikty postav, když nacházejí svou touhu po svobodě, rovnosti a sebevyjádření uprostřed systémového útlaku. Johnova vlastní cesta je poznamenána transformací ze strachu a pochybností na odvahu a odhodlání, když se stává majákem naděje pro své zotročené lidi.
Konflikt se dále rozšiřuje na bílou komunitu, reprezentovanou postavami, jako je majitel plantáže pana Wallera, kteří jsou odhodláni udržovat status quo a prosazovat svou moc nad zotročenou populací. Odpor vůči vzdělávání pro africké Američany je považován za prostředek k udržení kontroly a zabránění narušení stávajícího sociálního řádu.
Nakonec, Night John představuje silné zobrazení boje za občanská práva, zdůrazňuje lidskou touhu po znalostech a odolnost lidského ducha tváří v tvář útlaku.