Boto delfíni se primárně živí rybami a korýš. Jejich typická strava zahrnuje sumce, sardinky a další malé školní ryby. Někdy také chodí po chobotnice, krevetách a dalších mořských bezobratlých. Občas mohou dokonce jíst vodní ptáky nebo malá zvířata, pokud se tato příležitost představí.
