Koncept morfologických druhů má několik omezení, z nichž jedním je, že jej nelze aplikovat na organismy, které se reprodukují asexuálně. Je to proto, že asexuální organismy nemají dva odlišné pohlaví, a proto nemají stejné reprodukční bariéry, které oddělují sexuální druhy. Výsledkem je, že může být obtížné určit, co představuje druh v asexuálních organismech, a koncept morfologických druhů není v této souvislosti vždy užitečným nástrojem.
