Být na vrcholu potravního řetězce má nevýhodu biomagnifikace. Jak organismy konzumují organismy kořisti, které již nashromáždily kontaminanty, znečišťující látky nebo toxiny, tyto látky se stávají koncentrovanějšími na každé trofické úrovni. Tento proces se nazývá biomagnifikace. V důsledku toho vrcholoví predátoři, jako jsou žraloci, medvědi a orli, hromadí ve svém těle nejvyšší koncentrace kontaminantů. To může mít negativní dopad na jejich zdraví, včetně sníženého růstu, reprodukčních problémů a zvýšené náchylnosti k nemocem. V některých případech může biomagnifikace dokonce vést k úbytku nebo vyhynutí populace.
