Obecně mohou ryby po krátkou dobu tolerovat nízké koncentrace kyseliny octové. Prodloužená expozice nebo expozice vyšších koncentrací však může způsobit významné poškození. Toxicita kyseliny octové k rybám se také liší v závislosti na druhu. Některé ryby jsou citlivější na okyselení než jiné.
Kyselina octová může také ovlivnit kvalitu vody v rybníku nebo rybníku, zejména pokud je přidána ve velkém množství. Může snížit pH vody, takže je kyselejší. To může být škodlivé pro ryby a jiné vodní organismy, protože jsou přizpůsobeny určitému rozsahu pH.
Proto je nezbytné být opatrný při použití kyseliny octové v akváriích nebo rybnících. Měl by být používán pouze v malém množství a pro konkrétní účely, jako je dezinfekční akvárium nebo ošetření určitých onemocnění. Nadměrné použití nebo nesprávné použití kyseliny octové může vést k nepříznivým účinkům na ryby a další vodní život.