Trubkové ryby používají své žábry k dýchání, stejně jako jiné ryby. Mají pár žábrů umístěných na každé straně hlavy, které používají k extrakci kyslíku z vody. Trubkové ryby mají také speciální orgán nazývaný plavecký močový měchýř, který jim pomáhá ovládat jejich vztlak a udržovat svou polohu ve vodě.
