Megalodon se „nezformoval“ ve smyslu, že by byl uměle vytvořen. Byl to přirozeně vyvinutý druh žraloka, který se během své doby vyvíjel a prosperoval. Stejně jako všechny ostatní druhy byly existence a vlastnosti Megalodona utvářeny procesy přirozeného výběru a adaptace na své prostředí po miliony let.
Megalodon se vyvinul z menších předků v rámci rodu Otodus. Postupem času prodělaly určité druhy v této linii výhodné genetické mutace, které jim umožnily zvětšit se a vyvinout silnější čelisti a zuby, což vedlo ke vzniku Megalodona. Dostupnost hojné kořisti a podmínky prostředí během epoch miocénu a pliocénu také přispěly k úspěchu a dominanci Megalodona v jeho ekosystému.