Existují však dva poddruhy:
* Hippopotamus Amphibius Amphibius: Toto je nominovaný poddruh a nachází se po většinu rozsahu hrocha v subsaharské Africe.
* Hippopotamus Amphibius Kiboko: Tento poddruh se nachází na západě rozsahu druhu, především v západní Africe.
Je důležité si uvědomit, že tyto dva poddruhy jsou velmi podobné a rozdíly mezi nimi jsou jemné. Někteří tvrdí, že nejsou vůbec odlišnými poddruhy, ale spíše populace v rámci jediného druhu.
K dispozici je také Pygmy Hippopotamus (Choeropsis liberiensis) , což je samostatný druh zcela a mnohem menší než běžný hroch. Nacházejí se v lesích Libérie a Sierra Leone.
I když existují různé populace a poddruhy hroků, existuje pouze jeden skutečný druh hrocha: hroch amfibius.