Při všudypřítomné mineralizaci je celý organismus, včetně jeho vnitřních struktur a mikroskopických detailů, nahrazen minerální hmotou. K tomuto typu zkameněné dochází, když do zbytků organismu proniká voda nebo podzemní voda bohatá na minerál nebo podzemní voda a postupně nahrazuje organický materiál minerály. Minerály mohou být oxid křemičitý (křemen), kalcit (uhličitan vápenatý), pyrit (sulfid železa) nebo jiné minerální sloučeniny.
Pervazivní mineralizace má za následek vytvoření pevných kamenných repliky původního organismu. Tyto repliky zachovávají formu, tvar a složité detaily organismu a poskytují cenné poznatky o starověkém životě a podmínkách, za kterých došlo k zkamenění. Příklady všudypřítomné mineralizace zahrnují zkamenělé kosti, skořápky, dřevo a listy.