Ptáci jsou ve třídě Aves , vyznačující se peřím, zobáky a křídly, zatímco netopýři jsou v řádu Chiroptera, v rámci třídy Mammalia . Netopýři jsou jediní savci s motorovým letem.
Netopýři a ptáci mají společného předka , nazvaný Synapsid, který existoval asi před 300 miliony let. Od tohoto společného předka se rozcházely dvě větve:synapsidy, ze kterých se vyvinuli savci, a sauropsidy, z nichž se zrodili plazi a ptáci.
I když mohli mít společného předka, netopýři a ptáci se ve vývoji výrazně odlišovali v jejich anatomii, fyziologii a chování po miliony let.