Netopýři mají vysokou metabolickou rychlost a vyžadují hodně kyslíku k napájení jejich letu. Dýchá rychleji než ostatní savci a jejich plíce jsou větší v poměru k jejich velikosti těla. Netopýři mají také speciální adaptaci zvanou „nosní ventil“, která jim pomáhá regulovat jejich proudění vzduchu během letu.
Když netopýr nadechne, vzduch vstupuje skrz nosní dírky a prochází nosní chlopní. Nosní ventil pomáhá ovládat množství vzduchu, který vstupuje do plic, a také zabraňuje proudění vzduchu z nosu během letu.
Vzduch pak cestuje po průdušnici a do plic. Plíce jsou lemovány alveoly, což jsou malé vzduchové vaky, kde probíhá výměna plynu. Kyslík ze vzduchu difunduje do krevního řečiště a oxid uhličitý difunduje z krevního řečiště do vzduchu.
Vzduch poté vystupuje do plic a prochází průdušnicí a z nosních dír.
Netopýři jsou schopni dýchat při létání díky svým silným plicím a efektivnímu respiračnímu systému. Jsou schopni udržovat vysokou míru spotřeby kyslíku i během dlouhých a namáhavých letů.