Aligátoři nejsou ohroženi ani vyhynuli. Aligátor americký (Alligator mississippiensis) a aligátor čínský (Alligator sinensis) jsou Mezinárodní unií pro ochranu přírody (IUCN) klasifikovány jako druhy nejméně znepokojující. Nicméně dva další druhy aligátorů, kajman černý (Melanosuchus niger) a kajman brýlatý (Caiman crocodilus), jsou uvedeny jako zranitelné a téměř ohrožené.
