Mochýře lze nalézt v různých sladkovodních biotopech, včetně rybníků, jezer, řek, bažin a bažin. Nejčastěji se vyskytují v kyselých vodách s nízkým obsahem živin. Některé druhy měchýřků se vyskytují i v suchozemském prostředí, jako jsou vlhké louky a bažiny.
