1. Ztráta stanovišť: Ještěrka tonžská obývá především původní lesní ekosystémy v 'Eua a Tongatapu. Bohužel tato lesní stanoviště byla značně vyčištěna pro zemědělství, těžbu dřeva a lidská sídla. Ztráta vhodných biotopů výrazně snížila rozsah a velikost populace ještěrky.
2. Predace invazivními druhy: Invazní druhy, jako jsou divoké kočky, krysy a mangusty, byly zavlečeny na ostrovy Tonga a představují vážnou hrozbu pro tongského ještěra. Tito invazivní predátoři mají vysokou reprodukční rychlost a jsou vysoce efektivní při lovu a konzumaci ještěrky, což vede k poklesu populace.
3. Změna klimatu: Tonga, stejně jako ostatní tichomořské ostrovy, je velmi zranitelná změnou klimatu a vzestupem hladiny moří. Změny teplot a srážek ovlivňují stanoviště a zdroje potravy ještěrky. Stoupající hladina moří může také zaplavit nízko položená pobřežní stanoviště, což dále snižuje dostupný areál ještěrky.
4. Omezený rozsah: Tonžský ještěr je geograficky omezen na dva malé ostrovy na Tonze, takže je zranitelný vůči genetickým problémům, jako je příbuzenská plemenitba a nedostatek genetické rozmanitosti. Úzká distribuce také zvyšuje náchylnost k lokalizovaným hrozbám, jako je ztráta přirozeného prostředí nebo jedna katastrofická událost, která by mohla vyhladit velkou část populace.
5. Lov a vykořisťování: Ještěrka tonžská byla lovena místními obyvateli kvůli jídlu a tradiční medicíně, což přispělo k poklesu populace. V některých případech byla ještěrka odchycena pro obchod s domácími mazlíčky, čímž se její počet dále zmenšoval.
Kombinace ztráty přirozeného prostředí, invazivních druhů, změny klimatu, omezeného areálu a lovu vedla k vážnému poklesu populace ještěrky tongské. Úsilí o ochranu, jako je obnova stanovišť, kontrola predátorů, informovanost veřejnosti a programy chovu v zajetí, jsou zásadní pro zachování zbývajících populací tohoto kriticky ohroženého druhu.