1. Ztráta stanovišť: Primární příčinou úbytku populací fretek černonohých bylo zničení jejich prérijních pastvin. Přeměna těchto pozemků pro zemědělství, urbanizaci a rozvoj zdrojů vedla k výraznému omezení dostupného prostředí pro prérijní psy a následně fretky černonohé.
2. Otrava: Vládou podporované programy kontroly predátorů zaměřené na vymýcení prérijních psů často zahrnovaly použití jedů, jako je strychnin a kyanid. Tyto jedy byly aplikovány do nory prérijních psů a často postihovaly necílové druhy, jako je fretka černonohá, což vedlo k jejich snížení počtu.
3. Nemoc: Sylvatický mor, onemocnění způsobené bakterií *Yersinia pestis*, je mezi fretkami černonohými vysoce infekční a způsobil vážné úbytky populace. Ačkoli pochází z některých oblastí Severní Ameriky, nemoc byla šířena evropskými osadníky a jejich dobytkem. Náchylnost fretek černonohých k moru je jedním z hlavních faktorů omezujících jejich uzdravení.
4. Lov a odchyt: Fretky černonohé byly v minulosti loveny a chyceny do pastí především pro svou srst. K jejich ohrožení to významně nepřispělo, ale přispělo ke kumulativnímu dopadu dalších faktorů.
5. Konkurence a dravost: Změny v ekosystému prérií, jako je úbytek prérijních psů a pronikání kojotů, ovlivnily fretky černonohé. Kojoti a psi domácí loví fretky černonohé, zatímco redukce kolonií psů prérijních ovlivňuje dostupnost vhodných nor, potravy a úkrytu pro fretky.
Bylo vynaloženo úsilí na zachování a obnovu fretky černonohé prostřednictvím programů chovu v zajetí, reintrodukcí a iniciativ na ochranu stanovišť. Vzhledem k přetrvávajícím problémům způsobeným ztrátou stanovišť, nemocemi a predací však tento druh zůstává kriticky ohrožený a zranitelný vůči dalšímu poklesu populace.