Mosquito ryby mají řadu predátorů, včetně větších ryb, jako jsou basy a pstruh, jakož i ptáci a další hmyz. Rovněž je kořistí většími bezobratlými, jako jsou raky a vážky. Kromě toho jsou ryby komárů citlivé na různé nemoci a parazity, které mohou také přispět k jejich úmrtnosti.
