1. Střeva: Salmonella primárně kolonizuje a rozmnožuje se v gastrointestinálním traktu, konkrétně ve střevech. Bakterie se mohou rychle množit v tenkém střevě a způsobit zánět a související příznaky, jako je průjem, bolesti břicha, horečka a nevolnost.
2. Mezenteriální lymfatické uzliny: V rámci imunitní reakce těla může Salmonella napadnout mezenterické lymfatické uzliny, které se nacházejí v blízkosti střev. V těchto lymfatických uzlinách se bakterie mohou množit a způsobit zánět.
3. Játra a slezina: V závažných případech, zejména u invazivní netyfoidní salmonely (iNTS), se bakterie mohou šířit krevním řečištěm a dostat se do jater a sleziny. Zde se Salmonella může množit v tkáních a Kupfferových buňkách jater a makrofágů sleziny.
4. Žlučník: U jedinců se základními stavy, jako jsou žlučové kameny nebo abnormality žlučových cest, může Salmonella kolonizovat žlučník a množit se ve žluči. To může vést k zánětu žlučníku (cholecystitidě).
5. Další stránky: Ve vzácných případech může dojít k diseminovanému onemocnění, které umožní salmonele rozšířit se do dalších orgánů a tkání mimo gastrointestinální trakt, jako je krevní řečiště (bakteriémie), kosti, klouby, mozkové pleny a srdeční chlopně. V rámci těchto infikovaných stránek pak může dojít k reprodukci.